افتتح مركز تكوين العلماء خلال العام الدراسي 2008/2009 قسما ثانويا بالمركز يرمي من خلاله إلى تأهيل الطلاب تأهيلا علميا يمكنهم من بلوغ المستوى العلمي المطلوب في العلماء الربانيين الذين يسعى المركز إلى صناعتهم وإبرازهم للأمة الإسلامية..

ويهدف القسم الثانوي حسب مسؤول الشؤون الطلابية الأستاذ عال ولد يسلم إلى تخريج طالب علم حاصل على مستوى علمي كبير من خلال حفظ واستيعاب نصوص شرعية شاملة وتحصيل مخزون علمي كبير في جوانب متعددة من العلوم الشرعية من اللغة والفقه والأصول والسيرة ..وغير ذلك.

ويتألف القسم الثانوي من أربع مستويات يدرس فيها حوالي مائة طالب تتراوح أعمارهم مابين 15 سنة إلى 20 ويعتبر نظام الدراسة فيه مشحونا لابد للطالب أن يبذل جهدا مضاعفا لمواكبته، حيث يبدأ الدوام من ساعة قبل الفجر وسيتمر إلى الثامنة والنصف كمرحلة أولى مخصصة لحفظ المقررات الدراسية لتبدأ مرحلة أخرى من الثامنة والنصف وحتى الثانية عشر والنصف مخصصة لتلقي  الدروس على الأساتذة المشايخ, ليأخذ الطلاب بعدها استراحة والاستعداد للصلاة والغداء.

ثم يبدأ الدوام المسائي من الثالثة والنصف وحتى صلاة العصر وهذا الوقت مخصص للمذاكرة الفردية والعرض على الأستاذ المشرف.
ومابين العصر والمغرب يراجع فيه الطلاب على الأساتذة للتأكد من الفهم والحفظ للنصوص.
وما بين المغرب والعشاء وقت للمراجعة الجماعية؛ فكل طالب يقوم بشرح الدرس لزملائه.
ويتميز القسم الثانوي بأنه فرصة مناسبة لحفظ أكثر عدد من النصوص باعتبار الطالب مهيأ لذلك دون إهمال للفهم.
ويهدف القسم حسب القائمين عليه إلى تخريج طالب علم وقد حصّل مستوى علميا معتبرا ومحفوظات غزيرة ومخزونا من النصوص الشرعية كبيرا.. ومستوى من الاستيعاب جيدا .. دون أن يكون قد وصل لمرحلة العالم، ولا يتم ذلك إلا ببذل جهد مضاعف من الطالب لمواكبة البرنامج العلمي المكثف والطالب الذي استوعب البرنامج العلمي لا شك سيكون متميزا..
الطالب محمد عبد الرحمن ولد محمد يدرس في المستوى الرابع من القسم الثانوي قال في تصريحات للمكتب الإعلامي بالمركز أن ميزة القسم تتمثل في توازن الدراسة والقيمة العلمية والجو التنافسي الرائع الذي يحتاج من الطالب مستوى عال من المثابرة والتضحية.
والقدوات العلمية والتربوية المتمثلة في المشايخ الذين يُدرسون النصوص، إضافة إلى أن القسم يجمع نخبة من خيرة طلاب العلم الشرعي، مضيفا أن الطالب إذا أراد التميز عليه أن لا يكتفي بالنجاح فقط فذلك أمر عادي؛ بل عليه أن يضع نصب عينيه الوصول للقمة.
مقدما نصيحته للطلاب الجدد بالتوكل على الله واستغلال الوقت والسعي للتميز.

أما الطالب محمد الأمين ولد أدَّ يدرس في المستوى الأول من القسم فيشير في تصريحاتها للمكتب الإعلامي بالمركز إلى أن القسم الثانوي يتميز بجانبه العلمي فهو يزخر بالمواهب والملكات نتيجة لطريقة اختيار الطلاب.
إضافة إلى مزج المركز بين الجو المحظري والمسحة النظامية واستخدام أحسن طرق التلقي والتدريس مما أضفى على الدراسة في المركز بعدا تجديديا يحتاجه طالب العلم في هذا العصر.

ويقدم المركز برنامجا تربويا وثقافيا موازيا لتنمية مواهب الطالب حتى يتخرج وهو يحمل رسالة المركز وقيم وأخلاق العلماء الربانيين.
ويعطي المركز الأولوية لبعض المواهب مثل التجويد والخطابة والشعر والنشيد والخط العربي، إضافة إلى الكتابة وسرعة الحفظ والاستيعاب.

ويعتبر القسم الثانوي مرحلة من أهم مراحل الدراسة في المركز إضافة إلى أنه يسعى لتحقيق أهم الأهداف والمرامي الكبرى لمركز تكوين العلماء، فهو لبنة هامة في طريق تشييد صرح علمي يضع على عاتقه تكوين علماء ربانيين مستوعبين لمضامين الشرع ومقتضيات العصر.